总公司代发工资会计分录，需要分为以下几个步骤：

1. 核算和发放预备金：在会计部门，首先要设置一个科目，比如“其他应收款—代发工资”，用于核算公司代发的工资总额。首先，从公司的预备金中预借工资，这可以通过“库存现金”科目来完成。借方记入“其他应收款—代发工资”和“库存现金”，贷方则记入“应付职工薪酬”。这样做是为了向员工表示公司已经开始为发放工资做准备了。
2. 汇总代发工资信息：代发工资信息应包括员工的姓名、薪资、所属部门、工资标准以及应代发的项目等。这部分工作应由人力资源部门或者财务部门完成，并确保信息的准确性。
3. 制作会计分录并转账：根据汇总的信息，制作会计分录，将实际发放的工资从公司的预备金中扣除，同时记入员工的个人账户。借方应记入“应付职工薪酬”，“库存现金”（已预借的部分），“其他应收款—代发工资”（代扣的部分），贷方则记入“银行存款”（或者“库存现金”，如果直接发放现金）和每个员工的账户。这不仅显示了公司已经为发放工资付出了行动，而且也确保了所有应得款项都已经支付。
4. 后续处理：完成转账后，应将代扣的款项从公司的总账中扣除，以保持账面的平衡。这可以通过编制调整分录来完成。此外，还需在税务方面做相应的申报和扣缴。

在整个过程中，一定要确保代发工资的信息准确无误，并及时做好相关记录和存档。这对于公司与员工之间的权益保障都是至关重要的。在最后，确保所有环节无误后，会计分录的最终结果应该是一条清晰的、完整的、有效的会计记录，展示了公司的良好形象和负责任的态度。

以上就是关于总公司代发工资会计分录的详细介绍，希望对你有帮助。在实际操作中，可能还需要根据具体情况做适当调整，但基本原则和步骤应该是相似的。