个体工商户调整为有限责任公司后，其企业所得税的缴纳方式主要遵循国家税务总局的相关规定。以下是对该问题的详细解答：

一、企业所得税缴纳的基本规定

1. 纳税身份的转变：

个体工商户调整为有限责任公司，意味着其纳税身份由个人转变为法人。因此，原本个体工商户缴纳的个人所得税将转变为有限责任公司缴纳的企业所得税。

2. 税务登记与公告：

个体工商户在变更为有限责任公司前，应通过媒体向社会进行变更公告，并经会计事务所重新审计、评估、验资。

变更过程中，若无经营行为，应向工商机关注册登记，完成变更手续。

二、企业所得税的计算与缴纳

1. 应纳税所得额：

有限责任公司的企业所得税应根据应纳税所得额（经过调整后的净利润）进行计算。

2. 税率与税额：

根据国家税务总局的相关规定，有限责任公司的企业所得税税率一般为25%。

但是，对于年利润在300万以下、员工不超过300人、个人总资产不超过5000万的小型微利企业，其企业所得税税率可减按5%征收（此为2024年税收政策，具体政策可能会随时间有所调整，请关注最新税收政策）。

3. 缴纳方式与期限：

有限责任公司应按照国家税务总局的规定，按期足额缴纳企业所得税。

缴纳期限通常为年度终了后5个月内，进行汇算清缴。

三、特殊情况的处理

1. 非货币性资产出资比例：

根据相关规定，若个体工商户变更为有限责任公司时，非货币性资产在新公司权益性投资中所占比例超过25%，则视为老企业，其企业所得税仍由原税务机关负责征收。

若非货币性资产出资比例低于25%，则按新办企业处理，并按照相关文件规定确定企业所得税的主管税务机关。

2. 税收优惠政策的承继：

个体工商户变更为有限责任公司后，若符合相关税收优惠政策条件，可继续享受税收优惠。

但需注意，因住所发生变化而不符合税收优惠条件的除外。

综上所述，个体工商户调整为有限责任公司后，其企业所得税的缴纳方式需遵循国家税务总局的相关规定。在变更过程中，应完成税务登记与公告等手续，并关注最新税收政策以了解税收优惠与税率调整情况。