难题：在项目所在城市所预缴税款的附加税和增值税附加税，假如征收率及增值税率小于机构所在地，回机构所在地还要补交吗？

回应：《国家财政部 我国税务质监总局 有关经营者外地预缴税款相关城市维护建设税和教育附加费现行政策问题的通知》（财务〔2016〕74号）要求：

一、经营者跨区域提供建筑服务、营销和出租不动产的，需在建筑服务案发地、房产所在城市预缴税款时，以预缴税款税款为计税基础，并按照预缴税款所在地城市维护建设税税率和教育附加费增值税率就近测算交纳城市维护建设税和增值税附加税。

二、预缴税款纳税人则在机构所在地申请缴纳税费时，因其具体交纳增值税税款为计税基础，并按照机构所在地的城市维护建设税税率和教育附加费增值税率就近测算交纳城市维护建设税和增值税附加税。

三、本通知自2016年5月1日起实行。

因而，公司回机构所在地申报增值税后，要以实际交纳增值税税款为计税基础，并按照机构所在地的城市维护建设税税率和教育附加费增值税率就近测算交纳城市维护建设税和增值税附加税，预缴税款时交纳的附加税和增值税附加税与机构所在地的税率差及增值税率差值无需补交。