高新科技公司进行2016年度所得税年度汇算清缴应留意解决好下列四个难题。

除已享有免减但未登记状况外，高新科技公司在网络上办税大厅开展办理备案时，最普遍不正确是折扣优惠起始日期的填列不精确。一部分公司将折扣优惠起止時间填列入《高新技术企业证书》上的颁证時间，或是填列的折扣优惠起始日期超出一年。

依据《高新技术企业认定管理办法》（国科动怒〔2016〕32号）第十条要求，公司得到高新科技公司资质后，自高新科技企业资质授予之日所属本年度起享有税收优惠政策，可按照本方法第四条的要求，到负责人税务行政机关申请办理税收优惠政策办理手续。换句话说，2016年新评定的高新科技公司，就可以享有2016年度的高新科技公司税收优惠政策，所得税折扣优惠起始時间应是2016年1月1日至2016年12月31日。

《认定办法》第十九条第三项提升了二种取消资格的情况：未按时汇报与评定标准相关重特大转变状况或总计2年未填报本年度发展趋势状况表格的，由评定组织撤销其高新科技公司资质。

在这里，公司需铭记2个关键时间范围：一是在每一年5月底前，不但要执行办理备案办理手续并存留备查簿材料，还需要在门户网“高新科技公司评定管理方面网”上填写上一本年度专利权、科研人员、研发支出、营业收入等本年度发展趋势状况表格；二是产生改名或与评定标准相关的重特大转变应在三个月内向型评定组织汇报。

《国家财政部、我国税务质监总局有关高新科技企业员工教育投入抵扣现行政策的通告》（税务总局〔2015〕63号）中明确提出，“高新科技公司产生的职工教育经费支出，不超过工资薪金所得总金额8%的一部分，准许在预估所得税应缴税收入额时扣减；超出一部分，准许在之后缴税本年度结转成本扣减。”

以上通告自2015年1月1日起实行。但在操作实务中，大家发觉，一部分高新科技公司并沒有依照通告规定实行，只是仍选用《中华人民共和国企业所得税实施条例》第四十二条中要求的2.5%比例计算扣减。

既享有科学研究开发设计花费稅前加计特惠与此同时也是高新科技公司的经营者，非常容易搞混两大类政策优惠中有关研发支出范畴。特别注意的是，2个有关研发支出加计的最新政策《国家财政部、我国税务质监总局、国家科技部有关健全科学研究开发设计花费稅前加计现行政策的通告》（税务总局〔2015〕122号）和《我国税务质监总局有关企业技术创新开发设计花费稅前加计现行政策相关难题的公示》（我国税务质监总局公示2015年第9花了7天时间）均自2016年1月1日起实行。

事实上，《高新技术企业认定管理工作指引》（国科动怒〔2016〕195号）和税务总局〔2015〕122号均对科学研究开发设计花费的核算干了实际要求，范畴却各有不同，前面一种范畴显著超过后面一种。如国科动怒〔2016〕195号文档要求，授权委托外界科学研究开发设计花费包括授权委托海外组织或本人开展科学研究开发设计主题活动所产生的花费，而税务总局〔2015〕122号文档确立授权委托海外组织或本人开展产品研发主题活动所产生的花费，不可加计。因此 ，假如公司依照税务总局〔2015〕122号文档对科学研究开发设计花费开展核算梳理，去考量是不是达到高新科技公司标准得话，那麼在其中一项关键指标值“近三个会计期间的科学研究开发设计花费总金额占当期销售额总金额的占比”很有可能会达不上规范，而使公司缺失享有高新科技公司特惠的机遇。