《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发[2000]16号）决策：从2000年1月1日起，个人独资企业公司和合伙制企业投资人的生产制造经营所得对比个体户的生产制造、经营所得征缴个人所得税。国家财政部、我国税务质监总局下发的《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（税务[2000]92号）还确立：个人独资企业公司以股民为缴税扣缴义务人，合伙制企业以每一个合作伙伴为缴税扣缴义务人，本年度应缴税收入额均为每一缴税本年度的收入总额扣除成本费、花费以及损害后的账户余额。那麼，本人开办2个或两种之上公司（包含参加开办，相同）在年度汇算清缴时如何计算应纳税所得额呢，小编融合《我国税务质监总局有关〈有关个人独资企业公司和合伙制企业投资人征缴个人所得税的政策法规〉实行规格的通告》国税发[2001]811号等相关要求描述如下所示，仅供参考：

　　一、所有是独资应纳税所得额的计算方式。
　　所办公司所有是个人独资的，应各自向各公司的具体运营管理所在城市负责人税务行政机关申请办理本年度个人所得税年度汇算清缴，其年度汇算清缴税金的计算公式是：最先归纳全部公司的生产制造经营所得做为应缴税收入额，随后为此明确税率测算出全年度全部公司生产制造经营所得应缴个人所得税税款，再依据各个公司的生产制造经营所得占全部公司生产制造经营所得的比例计算出每一个公司的应缴个人所得税税款和年度汇算清缴应补交的税款。

　　比如：住户甲按照《中华人民共和国个人独资企业法》项目投资开办了A、B、C三家个人独资企业公司，2010年完成的应缴税收入额各自为五万元、十万元和十五万元，1—11月份预缴税款的个人所得税各自为2万元、3.2万块和3.三万元。其本年度年度汇算清缴时三个公司分别应补交的个人所得税为：

　　三个公司的年应缴税收入额＝5＋10＋15＝三十万元。
　　应纳税所得额＝30×35%—0.675＝9.82五万元。

　　三个公司本年度分别应缴个人所得税税款各自为：
　　A公司应纳税所得额＝9.825×5÷30＝1.637五万元。
　　B公司应纳税所得额＝9.825×10÷30＝3.27五万元。
　　C公司应纳税所得额＝9.825×15÷30＝4.912五万元。

　　三个公司分别应补交的税款为：
　　A公司应补交的税款＝1.6375－2＝－0.362五万元，即需向负责人税务行政机关申请办理退回个人所得税0.362五万元。
　　B公司应补交的税款＝3.275－3.2＝0.07五万元。
　　C公司应补交的税款＝4.9125－3.3＝1.612五万元。

　　二、个人独资、合作经营兼具应纳税所得额的计算方式。
　　在全部项目投资创办的公司中，假如不仅有个人独资、又有合伙制企业（根据《中华人民共和国合伙企业法》备案创立合伙制企业，相同），依据税务[2000]91号文件配件中本年度纳税申报的设计方案文件格式其本年度年度汇算清缴需分二步开展：第一步分别先要向不同的具体运营管理所在城市负责人税务行政机关申请办理本身的本年度个人所得税年度汇算清缴；第二步由在其中的合伙制企业向经常居住地负责人税务行政机关申请办理归纳本年度个人所得税年度汇算清缴，假如经常居住地与其说开办公司的运营管理所在城市不一致时，应选中其参加开办的某一合伙制企业的运营管理所在城市为申请办理，并在5年内不能变动。

　　比如：假设以上住户甲又与住户乙按照《中华人民共和国合伙企业法》申请注册开办了一家合伙制企业，甲项目投资三万元，乙项目投资七万元，分别的应缴税收入额按投入占比明确。2011年1月份在预缴税款2010年12月份个人所得税时该公司预估全年度应缴税收入额为十二万元，甲已预缴税款0.66五万元，乙已预缴税款2.26五万元；在年度汇算清缴时通过对各类要素調整后调增收入额三万元，其年度汇算清缴应缴税额的计算公式以下：
　　1、四个公司分别汇算应补交的个人所得税。
　　A公司应补交税款＝5×30%－0.425－2＝－0.92五万元。
　　B公司应补交税款＝10×35%－0.675－3.2＝－0.37五万元
　　C公司应补交税款＝15×35%－0.675－3.3＝1.27五万元。

　　合伙制企业中住户甲应补交税款＝（12＋3）÷10×3×30%―0.425―0.665＝0.2六万元。

　　2、四个公司归纳申请住户甲需补交纳的个人所得税。
　　归纳应缴税收入额＝5＋10＋15＋（12＋3）÷10×3＝34.五万元。

　　应补交税款＝34.5×35%－0.675―2―3.2―3.3―0.665―1.275―0.26＋0.925＋0.375＝2万元

　　除此之外，在对本年度应缴税收入额开展测算调节时要留意二点：一是依规准许减除的投资人本人花费，只有挑选在这其中一个公司的生产制造经营所得中扣减；二是本年度运营损失不可以跨公司填补。