代发工资的个人所得税由员工本人承担，但由支付单位（即实际用工或签约单位）依法履行代扣代缴义务。无论工资由总包、劳务公司还是第三方代发，扣缴义务人是对工资支付对象和金额有决定权的单位（通常是劳动合同签订方）。代发方仅作为资金通道，不承担个税责任。税款从员工应发工资中扣除，单位须按时申报并缴入国库，否则将面临税务处罚。
