一、不计入收益问题

因不计入收益问题造成未按照规定执行个人所得税代收代缴责任，较多见于各种行政事业单位。例如：院校，由指导、加课、考試等事宜而产生的补贴;医院门诊，由手术治疗、医院病房、医院门诊等产生的补贴;公司，由通讯、伙食费、商务洽谈等税收法律容许扣减范畴外的有关补贴。

二、根据费用报销花费方法抵冲收益问题

一部分公司员工根据商场、大型商场等买东西税票、发票等凭证费用报销花费，抵冲工资薪金所得收益;或根据燃油附加费、停车收费、在街上过路的过桥费、办公室电话通信费等办公室类花费的费用报销抵冲工资薪金所得收益。

三、企业员工分税收分类交纳个人所得税问题

一部分公司根据搞混员工与外界用人的关联进而搞混税收分类，将要同一员工的工资薪金所得分成工资薪金所得与劳务报酬所得各自交税，减少个人所得税应纳税所得额。

四、以本人购置超市购物卡在公司税前列支的方法替代一部分工资发放的问题

此类方法与根据费用报销花费发放工资有共同之处，公司在商场等场地申请办理完超市购物卡后，开票时一般都是会将税票开为办公设备等消耗品的类别，给中后期核查产生较大难度系数。此外，以物件替代工资更加无法区别与核查。

五、溶解一次性的高收益多月多次申请问题

针对应一次性下发的补发工资，有某些企业为了更好地减少税赋而溶解至少月多次派发，减少了税率。

六、同一年内多次应用全年度一次性奖金的处理方法交纳税金问题

一部分公司为了能使员工在获得工资较多的月份少缴税金，会人为因素随机应变应用税收优惠，多次应用此方法测算税金，进而做到少缴税额的目地。依据《我国税务质监总局有关调节本人获得全年度一次性奖金等测算征缴个人所得税方式问题的通告》(国税发﹝2005﹞9号)文档的要求，在一个缴税年内，全年度一次性奖金的计算方式只有运用一次。

七、根据虚报的员工信息内容向真正员工发放工资问题

一部分经营者在资询出具完税凭证或自助查询申请状况的问题时，系统软件中会产生许多的缴纳企业申请纪录及缴纳税金纪录，所记录工作人员并没有在该企业就职受聘。发生这类情况有下列概率：一是缴纳企业未删掉辞职成员名单;二是对违法获得的人员信息开展不实申请，在两列公司本年利润的与此同时，将虚报申请的工资金额用以对别的员工的工资派发上。