总部代发工资时，个人所得税仍由实际用工单位作为扣缴义务人依法预扣预缴。若总部与员工存在真实雇佣关系，则由总部计算个税（按“工资薪金所得”，适用3%–45%累进税率），在发放前代扣，并通过自然人电子税务局申报缴纳。若仅为资金代付、无劳动关系，则不应由总部扣税，否则可能引发税务风险。关键在于劳动关系归属，而非工资发放主体。
