银行代发工资时，不直接代扣个税。个税由企业（用人单位）作为法定扣缴义务人，在发放工资前计算并从员工应发工资中扣除。银行仅负责根据企业提供的“实发金额”进行批量转账。企业需自行申报并缴纳所扣个税。部分银行系统可提供“代扣个税”功能，但本质是企业通过网银将“代扣的个税款”与“代发工资款”一并提交给银行，银行再分两笔处理：一笔发工资，一笔转个税到国库。核心是企业负责计税和扣缴。
