代发工资的公司作为支付方，是法定个人所得税扣缴义务人。公司需在发放工资时代扣员工个税，并通过电子税务局或客户端申报缴纳。工资总额可作为企业成本，在计算企业所得税时税前扣除。公司必须确保代扣税款准确、及时申报，否则将面临税务处罚。代发行为本身不额外产生公司层面的税，但须保证业务真实、票据合规，防止利用虚假代发偷逃税。
