公司代发工资处理流程:1)核算工资,确认员工应发薪金额;2)扣除个税、社保个人部分等;3)将工资明细及总额提交银行;4)通过银行系统批量转账至员工个人账户;5)银行返回代发结果,公司核对入账;6)财务做账:借记“管理费用/销售费用”等,贷记“银行存款”,代扣个税记“应交税费”。确保合规、准确、及时。