公司代发工资过程中，若遇员工违章扣款，处理需谨慎。首先，确保扣款依据合法合规，明确违章事实及扣款标准。其次，通知员工违章详情及扣款金额，保障其知情权。扣款操作需通过正规财务流程，确保资金透明。同时，记录扣款详情，备查并作为员工管理依据。整个处理过程需遵循法律法规，维护员工权益，确保公正公平。通过规范操作，实现违章扣款与公司代发工资的有效衔接。
