人力资源公司代发工资时，需开具“工资、薪金所得”税目，并履行扣缴义务，计算并扣缴个人所得税。对于提供人力资源外包服务的公司，其销售额不包括代发工资和代理缴纳的社会保险、住房公积金，这部分款项不得开具增值税专用发票，可开具普通发票。税收政策方面，一般纳税人可选择一般计税方法或简易计税方法，税率分别为6%减除后的实际税率和5%；小规模纳税人则按3%的征收率计税。所有计税方法均需排除代发工资和社保费用后再行计算。
