母公司代发工资，个税由实际用工单位申报，关键看“谁是法定扣缴义务人”： 若员工与母公司签合同、由母公司管理，则母公司代发并申报个税； 若员工属子公司或分公司（独立用工主体），即使工资由母公司代付，仍应由子公司/分公司申报个税，因其对薪酬有决定权。 依据《个人所得税法》及国税函〔1996〕602号文：“对支付对象和金额有决定权的单位”为扣缴义务人。 建议：合同、用工、发薪、申报主体尽量一致，避免税务风险。
