开票公司代发工资存在重大合规风险。若该公司仅为“开票”主体，无真实用工关系，却代发工资，易被认定为虚列成本、逃避个税或洗钱。税务和人社部门会核查劳动合同、考勤、社保等证据链。真实情况应是：实际用人单位承担工资支付与个税代扣义务，代发仅是资金通道。建议企业通过自身基本户发放工资，避免使用无关第三方公司代发，以防稽查处罚。
