代发工资的个人所得税由支付方（用工单位）依法代扣代缴。无论工资由公司直接发放还是通过第三方代发，扣缴义务人均须在发放时按累计预扣法计算个税，于次月15日前向税务机关申报并缴纳税款。代发机构（如银行或人力公司）仅负责资金划转，不承担扣税责任。若未代扣，税务机关将追缴税款并对扣缴义务人处以罚款。员工年度终了还需办理汇算清缴，多退少补。
