代发工资不扣经营所得税。经营所得税（即“经营所得个人所得税”）适用于个体工商户、个人独资企业等，由经营者自行申报缴纳。而企业为员工代发工资时，依法代扣的是工资薪金所得的个人所得税，属于综合所得，适用3%–45%累进税率。公司须在发放前计算并代扣个税，次月15日前向税务机关申报缴纳。两者性质不同，不可混淆。代发工资环节无需也不应扣缴经营所得税。
