分公司代发工资的交税方式取决于其税务登记类型： 1. 独立核算、独立纳税的分公司：由分公司作为扣缴义务人，在当地税务机关申报并代扣代缴员工个人所得税。 2. 非独立核算、汇总纳税的分公司（如总分机构）：通常由总公司统一发放工资并代扣个税，或分公司代发后将数据报总公司汇总申报，税款在总公司所在地缴纳。 无论哪种形式，均须依法履行代扣代缴义务，确保“谁发工资、谁扣税”，并按月通过自然人电子税务局申报。具体以税务登记和属地政策为准。
