劳务公司代发工资适用差额征税政策。根据财税〔2016〕47号文，人力资源外包服务中，劳务公司可将代付的员工工资、社保、公积金等费用从销售额中扣除，仅就收取的服务费（手续费）部分缴纳增值税。一般纳税人可选择简易计税，按5%征收率差额计税；小规模纳税人按3%（现减按1%）征收率差额计税。例如：收到企业10万元，其中9.5万元用于发工资，仅0.5万元服务费计税。此举显著降低税负，避免重复征税。
