总包代发工资的个税由实际用工单位（即分包单位）依法承担扣缴义务。即使工资由总包单位从农民工工资专用账户代发，分包单位仍是法定的个人所得税扣缴责任人，需计算、申报并缴纳个税。总包仅履行代付职责，不替代分包的纳税义务。实践中，双方应在代发协议中明确个税处理方式，确保合规，避免税务风险。
