公司代发工资时,需依法履行个税代扣代缴义务。财务根据员工月收入,减去五险一金、专项附加扣除等后,按3%-45%超额累进税率计算应纳税额。在发放工资时代为扣除,并于次月15日前通过电子税务局申报缴纳至国库。企业不得漏扣、少扣或延迟申报,否则将面临税务处罚。代扣税款属于国家税收,是法定义务。