代发工资的扣除项目在发放前由企业财务核算并从应发工资中减去。主要包括：1. 社保公积金个人部分；2. 预扣个人所得税（按累计预扣法计算）；3. 其他代扣项：如工会费、企业借款、房租水电等（需员工授权）。扣除后余额为实发工资，通过银行批量转入员工账户。所有扣款明细应在工资条中清晰列示，确保透明合规。
