公司代发工资本身不直接申请退税。员工个人所得税由公司代扣代缴，若年度综合所得收入超过6万元，可在次年3月1日至6月30日通过“个人所得税”APP办理年度汇算清缴。系统自动汇总全年工资、劳务报酬等收入及已缴税款，计算应退或应补税额。若已缴税款大于应纳税额，即可申请退税。公司仅负责代扣代缴，退税由员工个人申报完成。
