当企业工资由关联方代发时，该部分工资费用通常可在企业所得税汇算清缴时扣除，但需证明第三方为关联方，并遵循独立交易原则。若关联方仅代收代付工资，无额外收费，通常不视为增值税应税行为。然而，若关联方除工资外还收取额外费用（如通道服务费），则可能被视为提供劳务派遣服务，需进行增值税处理，并开具相应发票。此外，代发工资方需履行代扣代缴个人所得税义务。企业应注意关联劳务交易的涉税风险，确保交易安排合理合规。
