代发工资的个税申报主要由支付单位（即用工单位或劳务派遣公司）负责。这些单位作为个人所得税的扣缴义务人，需根据员工实际收入情况，依法代扣代缴个人所得税。在代发工资流程中，支付单位会预先扣除应纳税额，再将剩余工资发放给员工。同时，支付单位还需定期向税务机关报送扣缴个人所得税报告表，以及税务机关要求报送的其他有关资料。简而言之，代发工资的个税申报与扣缴工作，由实际支付工资的单位承担，以确保税收法规得到遵守，维护国家税收秩序。
