网银代发工资本身不自动扣个税，但企业在发放前需自行计算并代扣个人所得税。企业在使用网银代发时，通常先在财务系统或个税申报平台完成个税计算和申报，然后将“税后工资”通过网银批量发放至员工账户。部分银行网银系统支持导入含税前工资、专项扣除等信息的模板，辅助计算，但最终扣税责任在企业。因此，网银是发放工具，扣税由企业依法履行。
