银行代发工资不直接抵扣税，而是由企业计算并代扣个税后，将净工资通过银行发放。企业在提交代发数据时，需提供应发工资、五险一金、专项附加扣除等信息，系统自动计算应纳税额，并向税务部门申报缴纳。银行仅负责按企业指令转账，不参与计税。若未依法代扣个税，企业将承担法律责任。因此，“代发”与“代扣税”是两个环节，前者是支付渠道，后者是法定义务。
