工程公司代发工资在符合相关规定及约定下是合法的。需具备合法合同或契约，并确保资金来源合法足额。代发时需遵守工资支付法律法规，确保如期足额支付，且工资账目及凭据需妥善保存备查。若存在拖欠、挪用或克扣工资等行为，则视为违法。法律依据为《保障农民工工资支付条例》，规定施工总承包单位可代发分包单位农民工工资，并需承担监督与清偿责任。合法合规的代发工资有助于保障农民工权益，提高企业财务管理效率。
