公司在代发工资时，确实承担扣缴义务。根据相关税法规定，公司需为员工代扣代缴个人所得税、社保费用等。这一义务确保了国家税收政策的落实及员工福利的保障。公司在发放工资前，需根据员工薪资所得及税收政策，准确计算应扣缴金额，并及时上缴至相关部门。此扣缴义务不仅是法律要求，也是企业履行社会责任、维护员工权益的重要体现。正确执行扣缴义务，有助于构建和谐的劳资关系，促进企业稳定发展。
