关联单位代发工资的会计处理需区分实际用工与支付主体。若A公司员工由B公司（关联方）代发工资，A公司作为实际用工单位，应确认工资费用和应付职工薪酬；B公司代付时，借记“其他应收款—A公司”，贷记“银行存款”；A公司随后偿还B公司，借记“应付职工薪酬”，贷记“银行存款”。双方需签订代付协议，并在账务中清晰反映代收代付关系，避免混淆成本归属。税务上，个税仍由A公司作为扣缴义务人申报缴纳。
