代发工资本身合规操作风险较低，但若管理不当可能存在风险：如员工银行卡信息错误导致发放失败或资金错付；未依法代扣个税或社保，引发税务或劳动纠纷；委托第三方代发时若无真实用工关系，可能被认定为虚开发票或逃避监管；数据泄露也可能带来信息安全风险。因此，企业应确保信息准确、流程合规、资料完整，并选择正规银行或合作方办理。
