代发工资协议应由企业财务或人事部门指定专人保管,存放在安全、保密的文件柜或加密电子系统中。协议需编号归档,纸质版与电子版双备份,确保完整、可查。保管期限不少于5年,或按合同约定及法规要求延长。借阅需登记审批,防止信息泄露。定期检查协议有效性,到期及时续签,确保代发服务连续、合规、有据可依。