公司代发工资需依法代扣代缴个人所得税。员工工资薪金所得超过5000元/月起征点后，公司作为扣缴义务人，必须按3%-45%的累进税率计算并代扣个税，连同工资一并发放。公司代发本身不额外交税，但必须履行代扣代缴义务，否则将承担法律责任。
