分包商代发工资的合法性主要取决于是否遵循相关法律法规及合同约定。若分包商与总包商、员工三方达成明确协议，且分包商具备合法资质，按照协议规定代发工资，则此行为合法。但需注意，代发工资过程中应确保资金安全，避免拖欠或克扣工资。同时，分包商需依法纳税，保障员工权益。总之，分包商代发工资在合规操作下是合法的，但应严格遵守法律规定，维护各方利益。
