代发工资的个税申报应由实际支付工资的用人单位负责。根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或个人为扣缴义务人。在代发工资的情况下，虽然工资通过代理机构或第三方平台发放，但实际的支付义务和决定权仍在用人单位。因此，用人单位作为扣缴义务人，需按照工资薪金所得计算并扣缴个人所得税。具体流程包括确定工资薪金数额及个税金额、委托代理机构代发工资、代理机构代扣代缴个税以及税务机关审核并征收个税。
