代发工资时，个人所得税由单位作为扣缴义务人，在发放工资前依法预扣预缴。计算方式为：应纳税额 = （月收入 - 5000元起征点 - 五险一金 - 专项附加扣除）× 适用税率 - 速算扣除数。单位每月通过电子税务局申报并缴纳税款，员工次年可进行汇算清缴，多退少补。
